Migale Bioinformatics Facility
Cette actualité sera mise à jour régulièrement pour vous informer de l'inclusion des nouveau noeuds
This news item will be updated continuously to reflect the inclusion of new nodes
Comme annoncé précédemment, nous avons basculé cet après-midi sur le nouveau cluster de calcul.
Ce qui ne change pas :
This spring we are upgrading our IT infrastructure.
À l’occasion de la journée mondiale du nettoyage numérique (Digital Cleanup Day), la plateforme Migale organise son 3e MIGALE Digital Cleanup du 17 au 28 mars 2025. Il s’agit d’un événement de sensibilisation à l’empreinte environnementale du numérique par l’action, simple, sous la forme d’un challenge collectif.
Un poste permanent d’IE en bioinformatique est ouvert sur la plateforme Migale pour renforcer son service d'analyse.
La plateforme Migale est membre de l'Infrastructure de Recherche BioinfOmics d'INRAE et de l'Institut Français de Bioinformatique. Elle est localisée à Jouy-en-Josas au sein de l'unité de recherche MaIAGE.
Candidature jusqu’au 20 mars 2025.
Les changements majeurs sont pour :
Deux nouveaux nœuds de calcul avec une grande quantité de mémoire vive viennent d’être intégrés au cluster migale.
Il s'agit des noeuds highmem1 et highmem2 qui ont tous les deux les caractéristiques suivantes :
Ces nœuds appartiennent à la queue "highmem.q" et sont accessibles uniquement sur demande et après justification via ce formulaire
L’analyse des données du microbiome constitue aujourd’hui un levier majeur pour étudier la diversité et la dynamique microbienne dans de nombreux champs de la biologie. Que vous utilisiez FROGS, DADA2, QIIME2, ou tout autre pipeline bioinformatique pour analyser vos données de métabarcoding, vous disposez d’outils performants pour transformer des données de séquençage en une matrice d’abondance des taxa microbiens et une table d’assignation taxonomique.
Access to the Migale bioinformatics facility will be unavailable from Monday, September 23d to Thursday, September 26th 2024.
Expected duration of interruption
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Start: 23/09/2024 noon
Unavailability: 23/09/2024 1.30 PM
End (estimation) : 26/09/2024 6 PM
Users affected by the incident
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En France, 46 fromages bénéficient de l’AOP, qui atteste de l’origine géographique des produits. La richesse des terroirs français donne un goût unique aux fromages AOP et jouerait un rôle dans la diversité microbienne de ces derniers. C’est ce qu’a montré une équipe de chercheurs d’INRAE, du CEA, du CNAOL et du CNIEL en analysant les bactéries, les levures et les moisissures présentes dans plus de 2 000 échantillons de fromages français labellisés AOP et dans 400 laits associés.
R 4.4.1 is now the default version on migale
3.19R_atof and R_strtod declared in header ‘R_ext/Utils.h’ are now documented[English Below]
Dans le cadre de la campagne de mobilité qui a été ouverte le 18 Juillet 2024, la plateforme de bioinformatique Migale affiche un profil d'IE Bioinformaticien-ne en analyse de données omiques microbiennes pour renforcer son équipe en charge du service d’analyse de données. [Profil détaillé]
Trois offres d'emploi sont proposées actuellement sur la plateforme.
N'hésitez pas à faire circuler l’information ou nous contacter si l’une d’elles vous intéresse.
Le premier poste, en CDI, concerne l'administration et l'évolution de l'infrastructure de Migale, en lien avec les activités développées dans I'Institut Français de Bioinformatique
- Administrateur-trice système DevOps d’une infrastructure scientifique collective (CDI, niveau IE)
Chères et chers collègues,
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 3ème édition, nous accueillerons Cassandre Bedu
Migalez-vous le jeudi 23 mai 2024 de 14h à 15h00 via ce lien !
R 4.3.2 is now the default version on migaleThe default initialization of the "repos" option from the ‘repositories’ file at startup can be skipped by setting environment variable R_REPOSITORIES to NULL such that getOption("repos") is empty if not set elsewhere.
Chères et chers collègues,
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
*** English version below ***
MIGALE vient d'ouvrir son cycle 2024 de formation "Bioinformatique par la pratique" avec 18 modules dont un en anglais :
INRAE faced a major cyber-attack on December 22.
Network access for the entire institute (mail, servers, data center, etc.) was cut off between December 22 and the morning of December 27.
Network access has been restored between 8 am and 7 pm on working days since December 27.
Consequently, access to Migale services has been unavailable since the evening of December 22.
*** English version below ***
Notre cycle de formation « Bioinformatique par la pratique » 2023 s’est achevé mi septembre.
Ce sont 15 modules différents qui ont été donnés représentant 27 jours de formation sur l’année.
Nous avons formé 108 apprenants, dont 64 INRAE (59 %), 42 académiques et 2 personnes du privé. Comme le montre la répartition par département des agents INRAE ci-dessous, la majorité des apprenants INRAE vient de MICA et BAP.
Access to the Migale bioinformatics facilityhave been unavailable from Monday, September 25th to Thursday, September 28th 2023.
Expected duration of interruption
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Start: 25/09/2023 1pm
Unavailability: 25/09/2023 3pm
End : 28/09/2023 5.10pm
Users affected by the incident
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We are gradually reorganizing the way we make documents available on the web. Training materials, tutorials, analysis reports, details of our publications and FAQs can now be accessed via a single website: https://documents.migale.inrae.fr. Developed in Quarto, this website will be the sole complement to our https://migale.inrae.fr website, where you will continue to find all application forms (account, tools, training...).
R 4.3.0 is now the default version on migale's R and also on RStudio 3.17 (BiocManager 1.30.20)
Quatre offres d'emploi sont proposées actuellement sur la plateforme.
N'hésitez pas à faire circuler l’information ou nous contacter si l’une d’elles vous intéresse.
Le 13 février dernier, nous avons été alerté par Renater – via le service « Sécurité des Systèmes d’Information » (SSI) INRAE- d’une possible activité malveillante provenant d’une adr
Bioconductor 3.16, consisting of 2183 software packages, 416 experiment data packages, 909 annotation packages, 28 workflows and 8 books.
For the beginning of this new year, Migale’s Galaxy instance has benefited from a major material and software update.
Ferments offer exceptional potential for innovation to support transitions towards safer, healthier and more sustainable food. Coordinated by INRAE and ANIA, and financed by France 2030 (€48.3 million over 10 years), the Grand défi Ferments du Futur aims to accelerate research and innovation in the field of ferments and fermented foods.
*** English version below ***
MIGALE vient d'ouvrir son cycle 2023 de formation "Bioinformatique par la pratique" avec 16 modules dont un petit nouveau :
Bonjour/Hello
(English version below),
Comme chaque année, nous vous invitons à rempir notre enquête de staisfaction annuelle. Cette enquête est un des moyens que nous utilisons, dans le cadre de nôtre démarche qualité ISO9001, pour mesurer l’adéquation entre vos besoins et notre offre de service.
Cette enquête ne vous demandera que quelques minutes à remplir et est disponible jusqu’au 15 décembre 2022 à cette adresse :
https://migale.inrae.fr/evaluation2022
*** English version below ***
Notre cycle de formation « Bioinformatique par la pratique » 2022 s’est achevé fin septembre.
Ce sont 16 modules différents qui ont été donnés, dont un qui a été joué une 2e fois, représentant 29 jours de formation sur l’année.
Nous avons formé 105 apprenants, dont 69 INRAE (65%), 33 académiques et 3 personnes du privé. Comme le montre la répartition par département des agents INRAE ci-dessous, une petite moitié appartient au département MICA.
Planned shutdown of all services from September 27th to September 29th 2022
Access to the Migale bioinformatics facility will be unavailable from Monday, September 26th to Thursday, September 29th 2022.
Expected duration of interruption
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Start: 26/09/2022 1pm
Unavailability: 26/09/2022 3pm
End (estimation) : 29/09/2021 6pm
Users affected by the incident
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You are already familiar with the tutorials that we provide on a dedicated website. Following the general principles of Open Science, Migale gives access to the support of the various training courses of our cycle.
All the trainings are under CC BY-SA 4.0 license.
You can find all the teaching material used for our courses on a dedicated website: https://trainings.migale.inrae.fr
Un poste de bioinformaticien•ne, niveau ingénieur•e d'étude, dédié à l'analyse de données (méta)-omiques microbiennes est ouvert à la campagne annuelle de mobilité sur la plateforme.
La description du poste est disponible sur le site INRAE dédié à la mobilité.
[Edit : les problèmes avec le cluster on été résolus / the issues with the cluster have been solved]
Quelques soucis techniques en cours sur la soumission de jobs et les mots de passe utilisateur
La plateforme Migale, dans le cadre de son cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" 2022, propose une formation intitulée "Introduction au text-mining avec AlvisNLP" en présentiel à Jouy-en-Josas les 2 et 3 juin 2022. Cette formation s’adresse aux (bio)informaticiens qui souhaitent acquérir des compétences théoriques et pratiques sur l'analyse de données textuelles. La formation abordera les méthodes de Reconnaissance D'Entités Nommées (REN) par des séances théoriques et pratiques.
A permanent position of "system and network administrator" is open to the 2022 competition within the Migale bioinformatics facility.
Profile description (IE22-MICA-1): https://jobs.inrae.fr/concours/concours-externes-ingenieurs-cadres-techniciens-h-f/ie22-mica-1
Closing date: March 24, 2022.
[Update 07.02.22 : bigmem node and queue added]
[Update 16.02.22 : nodes on short, long and infinit.q queue added]
[Update 21.02.22 : highmem.q queue added]
This work is the result of a collaboration with the UMR 0545 of INRAE Aurillac. It can be accessed here
Bonjour,
(English below)
Comme annoncé précédemment nous faisons évoluer notre infrastructure informatique en ce début d’année.
Pour les plus pressés d’entre vous, voici les éléments essentiels :
Interruption des accès en ligne de commande et de RSstudio jeudi 3 février de 8h à 10h.
Le cluster de calcul est renouvelé de moitié avec des nœuds de calcul plus récents.
Bonjour,
(english below)
Il reste encore quelques jours pour vous souhaiter à toutes et tous une très bonne année 2022.
La crise sanitaire a de nouveau impacté nos activités mais nous avons su en 2021, comme l’année précédente, adapter notre offre de service aux contraintes. Nous avons pu, par exemple, maintenir l’ensemble des modules du cycle de formation 2021, en en basculant certains à distance.
The 2022 training cycle is openYou can consult the program and the schedule here: https://migale.inrae.fr/trainings
Comme vous le savez, FROGS est un outil en constante évolution. En conséquence, des mises à jour interviennet régulièrement.
Jusqu'à maintenant, les versions de FROGS cohabitaient dans l'interface, ce qui pouvait parfois entrainer des confusions. Depuis peu, Galaxy propose une nouvelle façon de gérer les versions d'outils (pour les outils récemment déployés). Un nouveau bouton apparaît en haut à droite du formulaire, et il est possible de choisir la version de l'outil.
A very short newsletter to announce the release of the new FROGS article entitled "FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers", which you can read here : https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093bib/bbab318/6354026?guestAccessKey=c3c28079-333a-432e-9d9e-b4c37da8284d.
A nice collaborative work highlighted on the INRAE website
Access to the Migale bioinformatics facility will be unavailable from Monday, September 27th to Thursday, September 30th 2021.
Expected duration of interruption
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Start: 27/09/2021 8am
Unavailability: 27/09/2021 12pm
End (estimation) : 30/09/2021 6pm
Users affected by the incident
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R 4.1.0 is now the default version on migale 3.13It is planned that the 4.1.x series will be the last to support 32-bit Windows, with prod
