Submitted by vloux on Thu, 02/03/2022 - 09:18

[Update 07.02.22 : bigmem node and queue added]

[Update 16.02.22 : nodes on short, long and infinit.q queue added]

[Update 21.02.22 : highmem.q queue added]

Comme annoncé précédemment, nous avons basculé ce matin sur le nouveau cluster de calcul.

Ce qui ne change pas :

  • Vos données sont toujours au même endroit
  • L'accès à Galaxy reste identique 

Pour rappel, voilà ce qui change :

  • L’accès en ligne de commande (ssh) se fait désormais à l’URL front.migale.inrae.fr
  • Les nœuds de calcul sont sous Ubuntu LTS 20.04
  • Rstudio  a été mis à jour (2021.09.1), l’ensemble des paquets R ont été mis à jour également. R en ligne de commande et R sous Rstudio sont à nouveau identiques
  • Les outils ont été ré-installés sous Conda dans leur dernière version disponible

 

Actuellement seules les queues short et long ont été rétablies avec les configurations suivantes

 

Queue

Limite

Noeuds

Coeurs

Mémoire par Nœud

short.q

12h

12

732

256 Go

long.q

120h

16

924

256 Go

bigmem.q Pas de limite 1 96 2 To
infinit.q Pas de  limite 3 96 196 Go
highmem.q Pas de limite 1 24 768 Go

 

Les nœuds les plus récents de l’ancien cluster seront progressivement réinstallés sous Ubunutu et ajoutés au nouveau cluster de calcul au cours des prochaines semaines, en priorisant les nœuds à grande mémoire. A terme le cluster aura au total  2481 cœurs de calcul associés à plus de 11 To de RAM.

 

Les espaces projet sous l'arborescence /projet seront migrés  dans les prochaines semaines, cela occasionnera une interruption de service sur ces accès durant un WE. Nous vous informerons de la date prochainement.

 

Le tutoriel d’utilisation de l’infrastructure Migale a été mis à jour pour refléter les changements récents.

Nous avons fait le choix de réinstaller uniquement les outils les plus récents et les plus utilisés. Si des outils vous manquent, demandez leur installation par le biais du formulaire dédié sur le site web, nous les réinstallerons aussi rapidement que possible.

Pour tout autre problème lors de l’utilisation de ce nouveau cluster, néhsitez pas à nous contacter (help-migale@inrae.fr)

 

 

As previously announced, we switched this morning to the new computing cluster.

 

What doesn't change:

 

As a reminder, here is the changes that will impact you:

- The command line access (ssh) is now done at the URL front.migale.inrae.fr

- The compute nodes are under Ubuntu LTS 20.04

- Rstudio has been updated (2021.09.1), all the R packages have been updated too. R in command line and R under Rstudio are identical again

- The tools have been re-installed under Conda in their last available version

 

Currently only the short and long queues have been restored with the following configurations

Queue

Limit

Nodes

Cores

Memory per Node

short.q

12h

12

732

256 Go

long.q

120h

16

924

256 Go

bigmem.q No limit 1 96 2 To
infinit.q No limit 3 96 196 Go
highmem.q No limit 1 24 768 Go

 

 

The newest nodes from the old cluster will be progressively reinstalled under Ubunutu and added to the new compute cluster over the next few weeks, prioritizing nodes with large memory. Eventually the cluster will have a total of 2481 compute cores associated with over 11TB of RAM.

The project spaces  under the /project directory will be migrated in the coming weeks, this will cause an interruption of service on these accesses during a WE. We will inform you of the date soon.

The tutorial on using the Migale infrastructure (in french) has been updated to reflect the recent changes.

 

We have chosen to reinstall only the most recent and most used tools. If you miss some tools, ask for their installation through the dedicated form on the website , we will reinstall them as quickly as possible.

For any other problem when using this new cluster, please contact us (help-migale@inrae.fr)