[Update 07.02.22 : bigmem node and queue added]
[Update 16.02.22 : nodes on short, long and infinit.q queue added]
[Update 21.02.22 : highmem.q queue added]
Comme annoncé précédemment, nous avons basculé ce matin sur le nouveau cluster de calcul.
Ce qui ne change pas :
- Vos données sont toujours au même endroit
- L'accès à Galaxy reste identique
Pour rappel, voilà ce qui change :
- L’accès en ligne de commande (ssh) se fait désormais à l’URL front.migale.inrae.fr
- Les nœuds de calcul sont sous Ubuntu LTS 20.04
- Rstudio a été mis à jour (2021.09.1), l’ensemble des paquets R ont été mis à jour également. R en ligne de commande et R sous Rstudio sont à nouveau identiques
- Les outils ont été ré-installés sous Conda dans leur dernière version disponible
Actuellement seules les queues short et long ont été rétablies avec les configurations suivantes
|
Queue |
Limite |
Noeuds |
Coeurs |
Mémoire par Nœud |
|
short.q |
12h |
12 |
732 |
256 Go |
|
long.q |
120h |
16 |
924 |
256 Go |
| bigmem.q | Pas de limite | 1 | 96 | 2 To |
| infinit.q | Pas de limite | 3 | 96 | 196 Go |
| highmem.q | Pas de limite | 1 | 24 | 768 Go |
Les nœuds les plus récents de l’ancien cluster seront progressivement réinstallés sous Ubunutu et ajoutés au nouveau cluster de calcul au cours des prochaines semaines, en priorisant les nœuds à grande mémoire. A terme le cluster aura au total 2481 cœurs de calcul associés à plus de 11 To de RAM.
Les espaces projet sous l'arborescence /projet seront migrés dans les prochaines semaines, cela occasionnera une interruption de service sur ces accès durant un WE. Nous vous informerons de la date prochainement.
Le tutoriel d’utilisation de l’infrastructure Migale a été mis à jour pour refléter les changements récents.
Nous avons fait le choix de réinstaller uniquement les outils les plus récents et les plus utilisés. Si des outils vous manquent, demandez leur installation par le biais du formulaire dédié sur le site web, nous les réinstallerons aussi rapidement que possible.
Pour tout autre problème lors de l’utilisation de ce nouveau cluster, néhsitez pas à nous contacter (help-migale@inrae.fr)
As previously announced, we switched this morning to the new computing cluster.
What doesn't change:
- Your data is still in the same place
- Access to Galaxy remains the same
As a reminder, here is the changes that will impact you:
- The command line access (ssh) is now done at the URL front.migale.inrae.fr
- The compute nodes are under Ubuntu LTS 20.04
- Rstudio has been updated (2021.09.1), all the R packages have been updated too. R in command line and R under Rstudio are identical again
- The tools have been re-installed under Conda in their last available version
Currently only the short and long queues have been restored with the following configurations
|
Queue |
Limit |
Nodes |
Cores |
Memory per Node |
|
short.q |
12h |
12 |
732 |
256 Go |
|
long.q |
120h |
16 |
924 |
256 Go |
| bigmem.q | No limit | 1 | 96 | 2 To |
| infinit.q | No limit | 3 | 96 | 196 Go |
| highmem.q | No limit | 1 | 24 | 768 Go |
The newest nodes from the old cluster will be progressively reinstalled under Ubunutu and added to the new compute cluster over the next few weeks, prioritizing nodes with large memory. Eventually the cluster will have a total of 2481 compute cores associated with over 11TB of RAM.
The project spaces under the /project directory will be migrated in the coming weeks, this will cause an interruption of service on these accesses during a WE. We will inform you of the date soon.
The tutorial on using the Migale infrastructure (in french) has been updated to reflect the recent changes.
We have chosen to reinstall only the most recent and most used tools. If you miss some tools, ask for their installation through the dedicated form on the website , we will reinstall them as quickly as possible.
For any other problem when using this new cluster, please contact us (help-migale@inrae.fr)