isclogotitleMigale Bioinformatics Facility

We provide several services for scientists to deal with life sciences data



Open infrastructure dedicated to life sciences data processing



Dissemination of expertise in bioinformatics



Design and development of bioinformatics applications



Data analysis

Our Services

Migale, one of the Collective Scientific Infrastructure of INRAE, is part of the BioinfOmics Research Infrastructure of INRAE for bioinformatics. It is also a member of IFB (Institut Français de Bioinformatique), the French bioinformatics infrastructure and associated facility of France Génomique, the French genomic infrastructure for which we contribute to support different developments in bioinformatics.
A free account gives you access to work and save directories for your data, and access to the computer farm for your analyses.
The cluster farm is composed of about a thousand cores organized in different queues. We use the Sun Grid Engine queuing system for managing jobs.
You have a free access to our Galaxy server. Galaxy allows non-bioinformaticians to easily run tools without technical knowledges.
Command line tools, R packages and Galaxy wrappers are available on request and accessible to all migale authenticated users.
We provide an access to a large set of public biological databanks including whole genomes, nucleic and proteic sequences and other resources. They are updated automatically with BioMaJ or upon request.
We write tutorials to help you get familiar with tools, best practices, languages, etc.
Each year, we offer our "Bioinformatics by practicing" cycle. This cycle covers a broad spectrum of bioinformatics. The modules mix theoretical part and practical work.
We answer to the most common questions regarding the technical difficulties you can go through on our infrastructure.
Find all the ways to contact us.

Nouveaux noeuds de calcul disponibles sur le cluster

Submitted by vmartin on
cluster-modern

Deux nouveaux nœuds de calcul avec une grande quantité de mémoire vive viennent d’être intégrés au cluster migale.

Il s'agit des noeuds highmem1 et highmem2 qui ont tous les deux les caractéristiques suivantes :

  • AMD EPYC 7702 CPU (256 threads, 128 coeurs)
  • 4 To de RAM

Ces nœuds appartiennent à la queue "highmem.q" et sont accessibles uniquement sur demande et après justification via ce formulaire

easy16S : Une application interactive pour explorer vos données de métabarcoding

Submitted by orue on
logo

L’analyse des données du microbiome constitue aujourd’hui un levier majeur pour étudier la diversité et la dynamique microbienne dans de nombreux champs de la biologie. Que vous utilisiez FROGS, DADA2, QIIME2, ou tout autre pipeline bioinformatique pour analyser vos données de métabarcoding, vous disposez d’outils performants pour transformer des données de séquençage en une matrice d’abondance des taxa microbiens et une table d’assignation taxonomique.

Migale et vous le 7 novembre 2024 à 14h

Submitted by orue on
mig&vous
Chères et chers collègues,

Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.

Pour cette 4ème édition, nous accueillerons Françoise Irlinger, Mahendra Mariadassou et Céline Delbès