Migale Bioinformatics Facility
We provide several services for scientists to deal with life sciences data
Our Services
Migale, one of the Collective Scientific Infrastructure of INRAE, is part of the BioinfOmics Research Infrastructure of INRAE for bioinformatics. It is also a member of IFB (Institut Français de Bioinformatique), the French bioinformatics infrastructure and associated facility of France Génomique, the French genomic infrastructure for which we contribute to support different developments in bioinformatics.
A free account gives you access to work and save directories for your data, and access to the computer farm for your analyses.
The cluster farm is composed of about a thousand cores organized in different queues. We use the Sun Grid Engine queuing system for managing jobs.
You have a free access to our Galaxy server. Galaxy allows non-bioinformaticians to easily run tools without technical knowledges.
Command line tools, R packages and Galaxy wrappers are available on request and accessible to all migale authenticated users.
We provide an access to a large set of public biological databanks including whole genomes, nucleic and proteic sequences and other resources. They are updated automatically with BioMaJ or upon request.
We write tutorials to help you get familiar with tools, best practices, languages, etc.
Each year, we offer our "Bioinformatics by practicing" cycle. This cycle covers a broad spectrum of bioinformatics. The modules mix theoretical part and practical work.
We answer to the most common questions regarding the technical difficulties you can go through on our infrastructure.
Find all the ways to contact us.
Planned shutdown of all services from September 22d to 25th 2025
Access to the Migale bioinformatics facility will be unavailable from Monday, September 22nd to Thursday, September 25th 2025.
Update R
R 4.5.1 is now the default version on migale
3.21
CHANGES IN R 4.5.1
NEW FEATURES
The internal method of unzip() now follows unzip 6.00 in how it handles extracted file paths which contain "../"
Carbon footprint of MIGALE digital infrastructure
Dans le cadre de sa politique environnementale, et en lien avec la norme ISO 9001, la plateforme Migale a souhaité évaluer le bilan des émissions de gaz à effet de serre de son infrastructure matérielle pour l’année 2023.
Pour cela, nous avons recensé l’ensemble des serveurs et ordinateurs en fonctionnement en 2023 et les avons regroupé en 3 catégories
Update of our infrastructure
Cette actualité sera mise à jour régulièrement pour vous informer de l'inclusion des nouveau noeuds
This news item will be updated continuously to reflect the inclusion of new nodes
Comme annoncé précédemment, nous avons basculé cet après-midi sur le nouveau cluster de calcul.
Ce qui ne change pas :
Online command-line and Rstudio access unavailable from Tuesday, April 22 at 3 PM until Wednesday, April 23 at 12 PM
Update of our infrastructure
This spring we are upgrading our IT infrastructure.
MIGALE Digital Cleanup Challenge 2025
À l’occasion de la journée mondiale du nettoyage numérique (Digital Cleanup Day), la plateforme Migale organise son 3e MIGALE Digital Cleanup du 17 au 28 mars 2025. Il s’agit d’un événement de sensibilisation à l’empreinte environnementale du numérique par l’action, simple, sous la forme d’un challenge collectif.
IE en bioinformatique, analyse de données omiques microbiennes
Un poste permanent d’IE en bioinformatique est ouvert sur la plateforme Migale pour renforcer son service d'analyse.
La plateforme Migale est membre de l'Infrastructure de Recherche BioinfOmics d'INRAE et de l'Institut Français de Bioinformatique. Elle est localisée à Jouy-en-Josas au sein de l'unité de recherche MaIAGE.
Candidature jusqu’au 20 mars 2025.
Migale et vous le 27 mars 2025 à 14h
Chères et chers collègues,
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 5e édition, nous accueillerons Nuria Mach (INRAE, ENVT, UMR 1225).
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 5e édition, nous accueillerons Nuria Mach (INRAE, ENVT, UMR 1225).
Migration /db
Migration de l'espace /db et refonte de banques de données
Nous avons réorganisé les banques de données en veillant au maximum à garder la même arborescence ainsi qu'une grande majorité de ces banques.Les changements majeurs sont pour :