MIGALE organise
une nouvelle fois son cycle de formation
Migale Bioinformatics Facility
We provide several services for scientists to deal with life sciences data
Our Services
Migale, one of the Collective Scientific Infrastructure of INRAE, is part of the BioinfOmics Research Infrastructure of INRAE for bioinformatics. It is also a member of IFB (Institut Français de Bioinformatique), the French bioinformatics infrastructure and associated facility of France Génomique, the French genomic infrastructure for which we contribute to support different developments in bioinformatics.
A free account gives you access to work and save directories for your data, and access to the computer farm for your analyses.
The cluster farm is composed of about a thousand cores organized in different queues. We use the Sun Grid Engine queuing system for managing jobs.
You have a free access to our Galaxy server. Galaxy allows non-bioinformaticians to easily run tools without technical knowledges.
Command line tools, R packages and Galaxy wrappers are available on request and accessible to all migale authenticated users.
We provide an access to a large set of public biological databanks including whole genomes, nucleic and proteic sequences and other resources. They are updated automatically with BioMaJ or upon request.
We write tutorials to help you get familiar with tools, best practices, languages, etc.
Each year, we offer our "Bioinformatics by practicing" cycle. This cycle covers a broad spectrum of bioinformatics. The modules mix theoretical part and practical work.
We answer to the most common questions regarding the technical difficulties you can go through on our infrastructure.
Find all the ways to contact us.
Nouveaux noeuds de calcul disponibles sur le cluster
Deux nouveaux nœuds de calcul avec une grande quantité de mémoire vive viennent d’être intégrés au cluster migale.
Il s'agit des noeuds highmem1 et highmem2 qui ont tous les deux les caractéristiques suivantes :
- AMD EPYC 7702 CPU (256 threads, 128 coeurs)
- 4 To de RAM
Ces nœuds appartiennent à la queue "highmem.q" et sont accessibles uniquement sur demande et après justification via ce formulaire
easy16S : Une application interactive pour explorer vos données de métabarcoding
L’analyse des données du microbiome constitue aujourd’hui un levier majeur pour étudier la diversité et la dynamique microbienne dans de nombreux champs de la biologie. Que vous utilisiez FROGS, DADA2, QIIME2, ou tout autre pipeline bioinformatique pour analyser vos données de métabarcoding, vous disposez d’outils performants pour transformer des données de séquençage en une matrice d’abondance des taxa microbiens et une table d’assignation taxonomique.
Migale et vous le 7 novembre 2024 à 14h
Chères et chers collègues,
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 4ème édition, nous accueillerons Françoise Irlinger, Mahendra Mariadassou et Céline Delbès
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 4ème édition, nous accueillerons Françoise Irlinger, Mahendra Mariadassou et Céline Delbès
Planned shutdown of all services from September 23d to 26th 2024
Access to the Migale bioinformatics facility will be unavailable from Monday, September 23d to Thursday, September 26th 2024.
Expected duration of interruption
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Start: 23/09/2024 noon
Unavailability: 23/09/2024 1.30 PM
End (estimation) : 26/09/2024 6 PM
Users affected by the incident
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Fromages et laits AOP : une analyse de grande ampleur révèle leur diversité microbienne
En France, 46 fromages bénéficient de l’AOP, qui atteste de l’origine géographique des produits. La richesse des terroirs français donne un goût unique aux fromages AOP et jouerait un rôle dans la diversité microbienne de ces derniers. C’est ce qu’a montré une équipe de chercheurs d’INRAE, du CEA, du CNAOL et du CNIEL en analysant les bactéries, les levures et les moisissures présentes dans plus de 2 000 échantillons de fromages français labellisés AOP et dans 400 laits associés.
Offre emploi mobilité : IE bioinformaticien
[English Below]
Dans le cadre de la campagne de mobilité qui a été ouverte le 18 Juillet 2024, la plateforme de bioinformatique Migale affiche un profil d'IE Bioinformaticien-ne en analyse de données omiques microbiennes pour renforcer son équipe en charge du service d’analyse de données. [Profil détaillé]
Migale Recrute !
Trois offres d'emploi sont proposées actuellement sur la plateforme.
N'hésitez pas à faire circuler l’information ou nous contacter si l’une d’elles vous intéresse.
Le premier poste, en CDI, concerne l'administration et l'évolution de l'infrastructure de Migale, en lien avec les activités développées dans I'Institut Français de Bioinformatique
- Administrateur-trice système DevOps d’une infrastructure scientifique collective (CDI, niveau IE)
Migale et vous le 23 mai 2024 à 14h
Chères et chers collègues,
Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.
Pour cette 3ème édition, nous accueillerons Cassandre Bedu
Migalez-vous le jeudi 23 mai 2024 de 14h à 15h00 via ce lien !
Update R
R 4.3.2 is now the default version on migale
CHANGES IN R 4.3.2
NEW FEATURES
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The default initialization of the
"repos"option from the ‘repositories’ file at startup can be skipped by setting environment variable R_REPOSITORIES toNULLsuch thatgetOption("repos")is empty if not set elsewhere.