Our Services

Migale, one of the Collective Scientific Infrastructure of INRAE, is part of the BioinfOmics Research Infrastructure of INRAE for bioinformatics. It is also a member of IFB (Institut Français de Bioinformatique), the French bioinformatics infrastructure and associated facility of France Génomique, the French genomic infrastructure for which we contribute to support different developments in bioinformatics.
A free account gives you access to work and save directories for your data, and access to the computer farm for your analyses.
The cluster farm is composed of about a thousand cores organized in different queues. We use the Sun Grid Engine queuing system for managing jobs.
You have a free access to our Galaxy server. Galaxy allows non-bioinformaticians to easily run tools without technical knowledges.
Command line tools, R packages and Galaxy wrappers are available on request and accessible to all migale authenticated users.
We provide an access to a large set of public biological databanks including whole genomes, nucleic and proteic sequences and other resources. They are updated automatically with BioMaJ or upon request.
We write tutorials to help you get familiar with tools, best practices, languages, etc.
Each year, we offer our "Bioinformatics by practicing" cycle. This cycle covers a broad spectrum of bioinformatics. The modules mix theoretical part and practical work.
We answer to the most common questions regarding the technical difficulties you can go through on our infrastructure.
Find all the ways to contact us.

Planned shutdown of all services from September 23d to 26th 2024

Submitted by vloux on

Access to the Migale bioinformatics facility will be unavailable from Monday, September​ 23d to Thursday, September 26th 2024.

Expected duration of interruption
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Start: 23/09/2024 noon
Unavailability: 23/09/2024 1.30 PM
End (estimation) : 26/09/2024 6 PM

Users affected by the incident
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Fromages et laits AOP : une analyse de grande ampleur révèle leur diversité microbienne

Submitted by orue on

En France, 46 fromages bénéficient de l’AOP, qui atteste de l’origine géographique des produits. La richesse des terroirs français donne un goût unique aux fromages AOP et jouerait un rôle dans la diversité microbienne de ces derniers. C’est ce qu’a montré une équipe de chercheurs d’INRAE, du CEA, du CNAOL et du CNIEL en analysant les bactéries, les levures et les moisissures présentes dans plus de 2 000 échantillons de fromages français labellisés AOP et dans 400 laits associés.

Update R

Submitted by vmartin on

R logoR 4.4.1 is now the default version on migale

  3.19

CHANGES IN R 4.4.1

C-LEVEL FACILITIES

  • Functions R_atof and R_strtod declared in header ‘R_ext/Utils.h’ are now documented

Migale Recrute !

Submitted by vloux on

Trois offres d'emploi sont proposées actuellement sur la plateforme.

N'hésitez pas à faire circuler l’information ou nous contacter si l’une d’elles vous intéresse.

Le premier poste, en CDI,  concerne  l'administration et l'évolution de l'infrastructure de Migale, en lien avec les activités développées dans I'Institut Français de Bioinformatique

- Administrateur-trice système DevOps d’une infrastructure scientifique collective (CDI, niveau IE)

Migale et vous le 23 mai 2024 à 14h

Submitted by orue on

Chères et chers collègues,

Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.

Pour cette 3ème édition, nous accueillerons Cassandre Bedu

Migalez-vous le jeudi 23 mai 2024 de 14h à 15h00 via ce lien !

Update R

Submitted by vmartin on

R logoR 4.3.2 is now the default version on migale


CHANGES IN R 4.3.2

NEW FEATURES

  • The default initialization of the "repos" option from the ‘repositories’ file at startup can be skipped by setting environment variable R_REPOSITORIES to NULL such that getOption("repos") is empty if not set elsewhere.

Migale et vous le 25 janvier 2024 à 14h

Submitted by sschbath on

Chères et chers collègues,

Nous avons le plaisir de vous proposer une nouvelle rencontre en ligne « Migale & vous » pour échanger autour des activités de la plateforme. Ces rencontres régulières sont destinées aux utilisateurs de la plateforme intéressés pour (re-)découvrir ou discuter autour des offres de service de la plateforme.

Unscheduled service interruption

Submitted by vloux on

INRAE  faced a major cyber-attack on December 22.

Network access for the entire institute (mail, servers, data center, etc.) was cut off between December 22 and the morning of December 27. 

Network access has been restored between 8 am and 7 pm on working days since December 27.
Consequently, access to Migale services has been unavailable since the evening of December 22.